杭州市萧山区国家税务局，为正处级全职能局。
1.办公室
拟订年度工作计划、有关工作制度及长远发展规划；起草和审核重要文稿；负责文电、机要、会务、档案、督办、信访、保密等工作；承担税收宣传、新闻发布及政务公开、政府信息公开工作；负责网站指导工作；组织税收科研、学术交流和科研成果的鉴定、评选、推广及奖励工作；管理财务工作；负责目标管理考核及督查督办工作；负责管理创新项目的管理和申报工作；组织实施综合行政管理信息系统；办理人大代表建议和政协委员提案的有关事项;协助领导对有关工作进行综合协调；负责通讯报道工作；负责通讯员队伍培训。
2.政策法规科
承担重大税收案件审理工作；办理行政复议、赔偿案件及行政诉讼案件；组织实施税收法律法规、部门规章及规范性文件执行情况的监督检查，承担税收执法质量考核工作；配合财政、审计等部门对税务部门在税收政策上的监督与审计工作。负责流转税、所得税等税种的税政业务；负责增值税专用发票管理工作；负责金税工程的管理、推广应用及认证报税、数据采集、稽核管理工作。
3.收入核算科
编制年度税收计划、免抵调库计划；监督检查税款缴、退库情况；开展税收收入分析预测、税收收入能力估算及重点税源监控、企业税收资料调查工作；承担税收会计核算、统计核算等相关工作；负责税收票证管理工作；承担税收收入数据的综合管理应用工作；负责税款缓缴、呆帐税金、死欠税款核销管理工作；负责税收统计分析员的业务培训。
4.纳税服务科（办税服务厅）
组织、协调和指导各部门、各环节的纳税服务工作；承担增值税专用发票、普通发票、税收票证的入库、领用、缴销等工作；组织实施纳税服务工作规范和操作规程；组织落实纳税人权益保障规章制度及规范性文件；组织协调、实施纳税辅导、咨询服务、税收法律救济等工作，受理纳税人投诉；指导税收争议的调解；承担12366热线、承办网站的运行和维护工作、短信系统的运行管理工作；承担纳税信用评定工作；负责税务代理工作的监督、管理、指导、协调；负责办税服务厅人员的业务培训。
办税服务厅负责纳税人到税务机关办理的各种涉税事项，具体包括税务登记、纳税申报、税款征收、税款解缴、欠税公告、发票购销、税法（宣传）公告、金税发售、发行、发票代开、报税稽核、咨询辅导和受理纳税人涉税项目审批申请等工作。
组织落实综合性税收征管法律法规、部门规章及规范性文件，拟订具体操作办法；承办征管质量考核、风险管理和税收收入征管因素分析工作；承担税务登记、纳税申报、税收征管软件应用、税控器具推广应用、委托代征代扣税款等方面的相关工作；负责普通发票管理工作；组织管理创新工作的研究实施；组织落实个体和集贸市场税收征管；贯彻落实税收管理员制度；负责税收管理员的业务培训。
6.人事教育科
组织落实干部人事管理制度；承担思想政治工作；承担机构编制、干部任免、人员调配、劳动工资、人事档案、专业技术职务管理等人事工作；负责队伍建设；监督检查执行干部人事规章制度情况；管理外事工作；组织实施精神文明建设、税务文化建设和基层建设；拟订并组织实施公务员培训、学历教育工作规划、年度计划，开展培训质量考核与评估；落实上级巡视相关工作；负责干部的健康管理工作；承担离退休干部的服务和管理工作。
7.监察室
组织落实纪律检查、行政监察工作制度，拟订具体实施办法；组织协调本系统的党风廉政建设和反腐败工作；负责廉政文化建设；受理对工作人员违法违纪行为的检举、控告及有关申诉；查处工作人员违法违纪案件及其他重要案件；开展执法监察和纠风工作；负责外聘廉政监督员的协调联系工作。
8.税源管理一科
负责流转税、所得税等多个税种的综合纳税评估；负责纳税评估和日常检查的指导管理工作；牵头负责所辖范围内增值税一般纳税人、所得税重点企业和上级机关部署的重点评估企业的纳税评估工作；牵头组织开展行业、区域性或重点税源专项纳税评估工作；推广应用评估软件，及时组织编写、报送纳税评估案例及相关材料；研究和改进纳税评估的做法。
9.税源管理二科
负责对所辖纳税人的管理、服务，具体负责所辖调查核实纳税户税务登记及纳税申报、进行税源预测和分析、重点税源管理跟踪监控、税收宣传、纳税辅导、税收调研、纳税服务、纳税评估、日常检查、户籍管理、政策送达、税源调查、定额核定、催报催缴、数据采集分析、处理一般性违规违章行为等。
管辖区域为：衙前镇、所前镇、闻堰镇、城厢街道、北干街道、蜀山街道、新塘街道、湘湖农场。
10.税源管理三科
负责国家进出口税收政策及管理办法的贯彻落实、日常监督检查工作，负责出口货物退免税的审核和确认，负责出口货物退免税信息化管理系统的推广应用和维护工作，协调免抵调库计划，编制出口退税计划；负责出口退税管理员的业务培训。
11.税源管理四科
承担对大型企业提供纳税服务工作；承担对大型企业的税源管理、纳税评估和日常检查工作；承办汇总（合并）纳税企业税收日常检查的有关工作。贯彻执行国家涉外税收法律法规，配合有关部门组织实施反避税检查，负责税收协定执行、反避税实施、涉外税务审计、外国居民税收监管、情报交换、国际税务管理合作等；负责所辖外商投资企业、外国企业的税源管理工作；组织实施特别纳税调整工作；负责反避税人员的业务培训。
12.机关党委办公室
负责党群工作；承担思想政治教育工作；负责党建、工会、共青团、妇委会工作；承担入党积极分子的教育培训考察工作及发展党员工作；负责局文体工作、兴趣小组发展工作；负责民主党派人士和无党派人士的管理工作；负责文明结对、扶贫帮困、希望小学等其他社会工作。
13.直属机构
杭州市萧山区国家税务局设稽查局，主要职责：组织落实税务稽查法律法规、部门规章及规范性文件，拟订具体实施办法；组织、协调税收违法案件的查处、审理和执行工作；受理税收违法案件的举报；协调公安、检察、审判机关处理税务稽查有关工作；承担金税工程发票协查工作；牵头组织税收专项检查工作；负责税务稽查员的业务培训。
按照《浙江省国家税务局系统规范稽查机构设置明确职责分工方案》（浙国税人〔2008〕77号），稽查局设5个内设机构，级别为副科级，分别是：综合科、综合选案科、检查科、案件审理科、案件执行科。
（一）综合科
负责起草工作计划、总结工作；负责稽查人才库管理和具体组织稽查业务培训；负责稽查统计、分析和上报工作；负责稽查局公文收发、信息报道等文字秘书和后勤保障工作；负责对外联络与协调工作。
（二）综合选案科
按照税务稽查选案规则确定稽查对象；负责税务稽查案源登记、稽查实施台账；负责税务稽查计划执行情况的考核；负责规范、指导所辖地区的涉税举报管理工作。
（三）检查科
负责按稽查工作计划具体办理涉税违法案件的直接查处工作；负责税务违法案件的协查工作；负责协查函件的承办和管理工作；负责计算机协查工作；负责税务违法案件的协查工作。
（四）案件审理科
负责案件审理和税务行政处罚案件听证工作；负责移送案审委涉税违法案件的初审工作。
（五）案件执行科
负责案件的执行工作；负责与司法、公安等部门的联络、协调工作，交办的其他工作。
14.派出机构及职能
杭州市萧山区国家税务局设置4个税务分局，分别是义蓬税务分局、临浦税务分局、瓜沥税务分局、开发区税务分局。税务分局级别为正科级。
税务分局主要负责对所辖税源的监控管理工作，对辖区内纳税人实行分类管理和有效服务。具体负责所辖纳税户税务登记及纳税申报的调查核实、进行税收预测和分析、税收宣传、纳税辅导、税收调研、纳税服务、纳税评估、日常检查、户籍管理、政策送达、税源调查、定额核定、催报催缴、数据采集分析、处理一般性违规违章行为和零星税款的征收等。
义蓬税务分局管辖区域为：义蓬镇、河庄镇（包括江东开发区）、南阳镇、靖江镇、党湾镇、新湾镇（包括临江开发区）。
